Lư Tuần mắt sáng, ánh nhìn linh lợi, giỏi thư pháp và cờ vây. Sa môn Tuệ Viễn có tài nhìn người, sau khi gặp ông thì nói: Anh tuy ra vẻ hiền lành, nhưng trong lòng lại muốn làm việc bất quỹ[2]. Tôn Ân khởi binh, Tuần cũng tham gia bày mưu. Ân tính tàn nhẫn nghiêm khắc, Tuần nhiều lần căn ngăn, bộ hạ phần lớn được nhờ. Ân chết rồi, tàn dư nghĩa quân đề cử Tuần làm chủ.

Sau khi chấp chính, Hoàn Huyền tạm lấy Lư Tuần làm Thái thú Vĩnh Gia, đồng thời vào tháng 5 năm 402 lại lấy Kiến Vũ tướng quân, Thái thú Hạ Bi Lưu Dụ đến đóng quân ở Chiết Đông, khống chế Tuần. Tháng giêng năm sau (402), Tuần khởi binh đánh chiếm Đông Dương, bị Lưu Dụ nhanh chóng đánh bại. Bị quan quân truy kích dữ dội, Lư Tuần quẫn quá, ra Nam Hải đi Quảng Châu.

Tháng 7 năm 404, nghĩa quân lên bờ đánh châu trị Phiên Ngu, vây thành hơn trăm ngày thì hạ được thành, giết hơn 3 vạn quân dân, bắt sống thứ sử Ngô Ẩn Chi. Tháng 10, Tuần sai anh rể là Từ Đạo Phúc đánh chiếm quận Thủy Hưng. Lư Tuần tự xưng Bình Nam tướng quân, coi việc Quảng Châu.

Khi ấy Lưu Dụ mới bình định Hoàn Huyền, đang cần củng cố quyền lực, chưa thể tiến hành chinh thảo, vào tháng 4 năm 405, phong cho Lư Tuần làm Chinh Lỗ tướng quân, Thứ sử Quảng Châu, Bình Việt trung lang tướng. Sau khi nhận chức, Tuần sai sứ hiến cống cho Lưu Dụ Ích trí tống (tạm dịch: bánh nếp thêm khôn), Dụ cũng tặng lại cho Tuần Tục mệnh thang (tạm dịch: canh giữ mạng).

Năm 409, Lưu Dụ bắc phạt Nam Yên, Từ Đạo Phúc viết thư khuyên Tuần khởi binh. Nhưng Lư Tuần đã quen an nhàn, cho rằng mình có thể chiếm cứ một góc Lĩnh Nam mà quan sát nội loạn của nhà Đông Tấn. Từ Đạo Phúc tự mình đến Phiên Ngu, nói rõ lợi hại. Lư Tuần tuy không muốn, nhưng chẳng còn cách nào, đành nhận lời. Vì Lư Tuần do dự mãi, đến tháng 2 năm sau mới hành động, nghĩa quân liên tiếp giành thắng lợi, tiến đến vây bức kinh đô Kiến Khang.

Biết tin Lưu Dụ đã trở về, Tuần đâm ra úy kỵ, muốn quay về Tầm Dương, không theo kế hoạch lên bờ quyết một trận tử chiến của Từ Đạo Phúc. Chẳng bao lâu sau, Lưu Dụ hoàn tất hệ thống phòng ngự của Kiến Khang, nghĩa quân không sao công phá nổi, sức mỏi lương hết, bắt buộc phải lui chạy.